এলাকার ধর্মপ্রান মূসলমানদের উদ্দোগে ১৯৮৬ সালে যশোর জেলার বাঘারপাড়া উপজেলার ৩নং রায়পুর ইউনিয়নের অন্তর্গত শেখের বাথান গ্রামে শেখেরবাথান দারুস সূন্নাহ দাখিল মাদরাসাটি প্রতিষ্ঠা লাভ করে।১৯৮৭ সালে মাদরাসাটি ১০ম শ্রেনি খোলার অনুমতি ও ১৯৯৩ সালে একাডেমিক স্বীকৃতির অনুমোদন প্রাপ্ত হয় এবং বিগত ০১-০১-১৯৯৫ সন হতে মাদরাসাটি এম, পি,ও ভূক্ত হয়। বর্তমানে মাদরাসায় ১৮ জন শিক্ষক ও কর্মচারী কর্মরত আছেন। মাদরাসায় স্থানীয় ও কেন্দ্রীয় পরীক্ষার ফলাফল সংখ্যাগত ও গুনগত দিক থেকে সন্তোষজনক। ২০০২ সালে উপজেলা পর্যায়ে জাতীয় শিক্ষা সপ্তাহ উপলক্ষে মাদরাসা প্রধান জনাব মোঃ আখতারুজ্জামান শ্রেষ্ঠ মাদরাসা প্রধান নির্বাচিত হন এবং ২০০৩ সালে জাতীয় শিক্ষা সপ্তাহ উপলক্ষে অত্র মাদরাসা শ্রেষ্ঠ মাদরাসা হিসাবে নির্বাচিত হয়।